Rašytiniuose šaltiniuose Žagarė (čia stovėjusi Raktės pilis) pirmą kartą paminėta 1198 m. Raktė buvo viena svarbiausių žiemgalių genties pilių. XIII a. ją sunaikino kalavijuočiai. Žagarė vėl minima 1473 m. XVI a. raštuose Žagarė vadinama miestu. Dėl palankios geografinės padėties (per Žagarę ėjo kelias į Rygą) mieste klestėjo amatai, vyko prekyba su užsienio šalimis. 1600 m. čia įsteigta parapijos mokykla. XIX a. Žagarėje vyko didžiulės mugės, veikė sagų, kaspinų, plunksnų, drobės balinimo, vilnonių dirbinių ir žvakių fabrikėliai, vyno, alaus daryklos. Veikė keletas bažnyčių, maldos namų ir mokyklų, nes čia gyveno įvairių tautybių žmonės – lietuviai, latviai, vokiečiai, žydai, rusai.